Yapılan detaylı incelemelerde, yeraltı şehrinin üç farklı giriş kapısına sahip olduğu belirlendi. Kuzeybatı yönündeki ana girişin zamanla kapanmış olmasına rağmen, güney ve kuzeydeki diğer girişlerin izleri hâlâ belirginliğini koruyor. Bu çoklu giriş sistemi, dönemin savunma stratejileri ve güvenlik önlemleri hakkında önemli ipuçları sunuyor.
Yeraltı şehrinin iç yapısı, dar galerilerle birbirine bağlanan geniş salonlardan oluşuyor. Kuzeydeki dar bir geçitten ilerleyen ziyaretçiler, tonoz tavanlı, yaklaşık 1.30 metre yüksekliğindeki etkileyici bir salona ulaşıyor. Bu salonun çevresinde stratejik olarak yerleştirilmiş odalar ve nişler bulunuyor; bu düzenleme, yaşam alanlarının ve depolama bölgelerinin nasıl organize edildiğini gösteriyor.
Çeşka Yeraltı Şehri'nin en dikkat çekici mühendislik harikalarından biri, batı bölümündeki odalarda tespit edilen gelişmiş havalandırma bacalarıdır. Bu bacalar, yeraltının derinliklerinde bile temiz hava akışını sağlayarak, o dönemin insanlarının çevre koşullarını optimize etme konusundaki ileri düzey bilgisini ve becerisini ortaya koyuyor.
Bölgede yapılan kazılarda, tepenin zirvesinde yoğunlaşan kaya mezarları ve çeşitli seramik parçaları gibi önemli kalıntılar gün yüzüne çıkarıldı. Bu buluntular, Frig, Roma ve Bizans dönemlerine ait izler taşıyarak, Çeşka'nın sadece bir yeraltı şehri değil, aynı zamanda farklı kültürel katmanların iç içe geçtiği bir yaşam ve anıt alanı olduğunu kanıtlıyor.
Çeşka Yeraltı Şehri'nin sır perdesi, ilk olarak 2008 yılında Müze Müdürlüğü tarafından yürütülen temizlik ve inceleme çalışmalarıyla aralanmaya başladı. Bu çalışmalar sırasında elde edilen önemli bulgular, alanın bir kısmının gün yüzüne çıkarılmasını sağladı ve bölgenin arkeolojik potansiyelini gözler önüne serdi. Çeşka, Yozgat'ın ve Anadolu'nun zengin kültürel mirasının önemli bir parçası olarak, gelecekteki araştırmalarla daha nice sırrı barındırmaya devam ediyor.